طبق مقررات بهداشتی بین‌المللی (IHR)، تمامی کشورها موظف به ایجاد ظرفیت‌های کلیدی برای ارتقای وضعیت سلامت عمومی خود هستند. این ظرفیت‌ها شامل "شناسایی، ارزیابی خطر، اطلاع‌رسانی اولیه و گزارش رخدادهای بهداشتی" و "پاسخ‌دهی سریع و مؤثر به خطرات بهداشت عمومی و وضعیت‌های اضطراری بهداشتی بین‌المللی" می‌باشند.

برنامه ارزیابی مشترک یک ارزیابی جامع از ظرفیت‌های بهداشتی کشورها است که به شناسایی نقاط قوت و ضعف در سیستم‌های بهداشتی کمک می‌کند. این ارزیابی به کشورها اجازه می‌دهد تا توانمندی‌های خود را در زمینه‌های مختلف مانند پیشگیری، شناسایی، پاسخگویی و بهبود سیستم‌های بهداشتی مورد بررسی قرار دهند. نتایج این ارزیابی می‌تواند مبنایی برای توسعه راهبردهای ملی و برنامه‌های عملیاتی باشد که هدف آن‌ها تقویت ظرفیت‌های بهداشتی است.

نسخه اولیه برنامه ارزیابی مشترک خارجی در سال ۲۰۱۶ طراحی شد و تا پایان سال ۲۰۲۲، ۱۱۶ کشور فرآیند ارزیابی بیرونی را انجام داده بودند. در کشورهای منطقه خاورمیانه شرقی سازمان جهانی بهداشت، تمامی کشورها به جز ایران تاکنون ارزیابی خارجی را انجام داده‌اند. برخی کشورها مانند پاکستان نیز دور دوم ارزیابی را اجرا کرده‌اند.

در اسفند ۱۴۰۳، انستیتو پاستور ایران به عنوان مرکز مشاور برای اجرای "ارزشیابی مشترک بیرونی" توسط معاونت بهداشت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی انتخاب شد. در این راستا، تفاهم‌نامه همکار‌ی بین انستیتو پاستور ایران و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی امضا گردید و دبیرخانه این برنامه در انستیتو پاستور ایران راه‌اندازی شد. تیم مشاور در این برنامه مسئول اجرای برنامه از طریق برگزاری جلسات و کارگاه‌های مربوطه، مستندسازی و مدیریت امور دبیرخانه خواهد بود.

در این برنامه، یک کمیته مرکزی متشکل از نمایندگانی از معاونت بهداشت، اداره کل بین‌الملل وزارت بهداشت، حراست مرکزی وزارت بهداشت، آزمایشگاه مرجع سلامت، انستیتو پاستور ایران، موسسه واکسن و سرم‌سازی رازی، معاونت حقوقی وزارت بهداشت، وزارت امور خارجه، وزارت کشور، و وزارت علوم و تحقیقات و فناوری به بررسی مستندات و اطلاعات موجود در کشور در ارتباط با برنامه می‌پردازد. سپس چک‌لیست‌ها و مستندات حاصل از خودارزیابی به تیم ارزیابی خارجی متشکل از کارشناسان بین‌المللی تأیید شده توسط کشور ارائه می‌شود و پس از نهایی شدن نمرات، گزارشی جامع تهیه خواهد شد که شامل نتایج ارزیابی، نقاط قوت و ضعف کشور در زمینه‌های مختلف و پیشنهادات برای بهبود است. این فرآیند نه تنها به کشورها کمک می‌کند تا نقاط ضعف خود را شناسایی کنند، بلکه به آن‌ها امکان می‌دهد تا برنامه‌ریزی‌های لازم برای تقویت سیستم‌های بهداشتی خود را انجام دهند.

در این راستا، دبیرخانه این برنامه در انستیتو پاستور ایران، جهت آماده‌سازی برای شروع فرآیند اجرایی ارزشیابی مشترک بیرونی، مانور عملیاتی این برنامه را برای ارزیابی شاخص‌های ظرفیت بیماری‌های قابل انتقال بین انسان و حیوان در تاریخ ۲۲ اردیبهشت ۱۴۰۴ در سالن ابن سینای انستیتو پاستور ایران برگزار نمود. برای این منظور در جلسه‌ای با حضور دکتر احسان مصطفوی، رئیس انستیتو پاستور ایران، اعضای دبیرخانه و مدعوینی از وزارت بهداشت و سازمان دامپزشکی کشور، پس از تشریح اهمیت انجام برنامه برای کشور  ابعاد و مراحل اجرا، تجربه سایر کشورها و شاخص‌های مورد بررسی در ظرفیت بیماری‌های قابل انتقال بین انسان و حیوان ارائه شد.

همچنین جلسه‌ای با تعدادی از اعضای کمیته مرکزی این برنامه در تاریخ ۲۷ اردیبهشت در انستیتو پاستور ایران برگزار شد. در این جلسه علاوه بر معرفی پروژه، به چالش های احتمالی در طی اجرای پروژه و راهکارهای پیش بینی شده برای حل آن ها پرداخته شد و نقش، وظایف و انتظارات از اعضای کمیته ی اصلی و مسئولین زیر کمیته ها مطرح شد.