مرکز تحقیقات میکروبیولوژی انستیتو پاستور ایران با تمرکز بر توسعه دانش و فناوری در حوزه بیماری‌های عفونی، پاتوژن‌های مقاوم و میکروبیوم انسانی، خط سیر پژوهشی خود را در سه فاز متمایز و درهم‌تنیده طراحی کرده است:

فاز اول: تثبیت پایه‌های علمی و توسعه ظرفیت داخلی (سال‌های ۱۴۰۳–۱۴۰۵)

 محورهای کلیدی:

• شناسایی پاتوژن‌های اولویت‌دار با استفاده از روش‌های کلاسیک و مولکولی
• توسعه زیرساخت آزمایشگاهی پیشرفته (PCR، sequencing، کشت سلولی)
• تقویت تیم‌های تخصصی در حوزه‌های باکتری‌شناسی، ایمنی‌شناسی و بیوانفورماتیک
• طراحی پایگاه داده داخلی از سویه‌های بالینی و محیطی

هدف: ارتقاء ظرفیت تشخیصی، انسانی و فناورانه برای ورود به عرصه‌های پژوهشی رقابتی‌تر

فاز دوم: تولید دانش پیشرفته و توسعه فناوری‌های نوین (سال‌های ۱۴۰۵–۱۴۰۸)

 محورهای کلیدی:

• تحلیل مقاوت آنتی‌بیوتیکی در سطح ژنومی و اپی‌ژنتیکی
• مطالعه الگوهای میکروبیوم بیماران مبتلا به بیماری‌های مزمن عفونی و متابولیک
• طراحی و ارزیابی کیت‌های تشخیصی پیشرفته
• شروع همکاری‌های مشترک منطقه‌ای و بین‌المللی  (One Health, WHO reference labs)

هدف: تولید خروجی‌های علمی با قابلیت تجاری‌سازی و تأثیرگذاری ملی در سیاست‌گذاری سلامت

فاز سوم: تمرکز بر پزشکی فردمحور و پاسخ‌گویی به بحران‌های سلامت (سال‌های ۱۴۰۸–۱۴۱۰ و پس از آن)

محورهای کلیدی:

• یکپارچه‌سازی داده‌های میکروبی، ژنومی، کلینیکی و اپی‌ژنتیک برای توسعه مدل‌های تشخیصی و درمانی شخصی‌سازی‌شده
• توسعه پلتفرم‌های بومی برای پاسخ سریع به بیماری‌های نوپدید  (emerging infections)
• ایفای نقش محوری در تدوین پروتکل‌های ملی تشخیص، درمان و پایش بیماری‌ها
• مشارکت در پروژه‌های بین‌المللی بزرگ مانند HORIZON Europe و GISAID

 هدف: ایفای نقش مرجع منطقه‌ای در پزشکی مبتنی بر داده و سلامت عمومی آینده‌نگر

مرکز تحقیقات میکروبیولوژی انستیتو پاستور ایران با بهره‌گیری از این خط سیر مرحله‌ای، ضمن پاسخ‌گویی به نیازهای جاری کشور، در افق میان‌مدت به یکی از نهادهای مرجع منطقه‌ای در علم میکروبیولوژی مدرن و پزشکی فردمحور تبدیل خواهد شد.