آزمایشگاه مرجع کشوری اشریشیا کلی در سال 1388 با کسب مرجعیت از آزمایشگاه مرجع سلامت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، تاسیس گردیده است و از ان زمان تا کنون با آزمایشگاه مرجع سلامت، اداره مبارزه با بیماریهای منتقله از طریق آب و غذا و مرکز مدیریت بیماری های واگیر وزارت بهداشت همکاری تنگاتنگ و مستمر داشته است. این آزمایشگاه خدماتی چون کشت نمونه های ارسالی روی محیط های اختصاصی و افتراقی جهت ایزوله کردن باکتری اشریشیا کلی، تعیین هویت بیوشیمیایی، انجام آزمونهای سرولوژی و مولکولی برای تعیین سروتایپ و پاتوتایپ های اشریشیاکلی، انجام آزمون کشت سلول برای بررسی پاتوزنیسیتی، انجام آزمون ژل الکتروفورز در میدان ضربانی برای پایش گردش سویه های بیماریزا (Pulsed - Field Gel Electrophoresis) (PFGE) را برای مدیریت های یاد شده و ارائهDNA سوش های استاندارد اشریشیاکلی را به جامعه دانشگاهی کشور، در پرونده خدمات ارائه شده دارا می باشد.

جهت اطلاع بیشتر از خدمات این آزمایشگاه مصاحبه با آقای دکتر نادر شاهرخی، رئیس این آزمایشگاه، در ادامه آمده است:

دکتر نادر شاهرخی، متولد سال 1344 در تهران، متاهل و دارای یک فرزند دختر و یک فرزند پسر می باشد. ایشان عضو هیئت علمی بخش بیولوژی مولکولی و مسئول آزمایشگاه مرجع کشوری اشریشیا کلی (آمکا) است. ایشان دارای مدرک کارشناسی میکروب شناسی از دانشگاه اصفهان، کارشناسی ارشد میکروب شناسی از دانشگاه تهران و دکترای تخصصی بیوتکنولوژی پزشکی از انستیتو پاستور ایران می باشد که از سال ۱۳۸۱ تا کنون در بخش بیولوژی مولکولی مشغول به کار است.

بخش بیولوژی مولکولی اوایل دهه هفتاد به همت خانم دکتر انیس جعفری و آقای دکتر سعید بوذری و آقای علی فرهودی راه اندازی گردید. شروع فعالیت دکتر شاهرخی در این بخش به منظور انجام پایان نامه دکترای تخصصی خود بوده است که هم اکنون پس از سالها کسب تجربه در محضر اساتید ارزشمند بخش، ریاست این بخش را بعهده  گرفته اند.

 یکی از دستاوردهای مهم بخش بیولوژی مولکولی در زمینه ارائه خدمات تخصصی، راه اندازی آزمایشگاه مرجع اشرشیا کلی می باشد که به همت آقای دکتر سعید بوذری و همکاران وقت انجام شده است. آزمایشگاههای مرجع کشوری در تشخیص، پیشگیری و پایش بیماری های هدف اهمیت بسزایی دارند. در چند سال اخیر با ظهور بیماری کووید19، مشخص شده است که بیماریهای عفونی از یک اپیدمی جزئی در سطح منطقه و کشور می توانند به یک چالش جهانی و پاندمی تبدیل شوند و از این رو همچنان باید پایش آن ها در کانون توجه تصمیم گیران کشورها قرار داشته باشد.

اشرشیاکُلی باکتری فلور روده که می تواند مهاجم بشود

اشرشیاکُلی (با نام علمی  Escherichia coli) یا به اختصار E.coli) نوعی  باسیل گرم منفی بی‌هوازی اختیاری  از سر رده اشرشیا و خانواده انتروباکتریاسه است که به‌طور شایع در روده جانوران خون‌گرم وجود دارد. بیشتر سویه‌هایاشریشیا کلی، بی‌آزار هستند اما برخی از سروتیپ‌ها موجب مسمویت غذایی،، اسهال، عفونت دستگاه ادراری، عفونت زخم و عفونت های منتشرهمی‌شوند. سویه‌های بی‌آزار این سر رده، بخشی از فلور نرمال روده افراد سالم هستندکه در تولید ویتامین K2 نقش دارند و از استقرار باکتری‌های بیماری‌زا در روده جلوگیری می‌کنند. این باکتری، از فراوان ترین باکتری های فلور روده می باشد که مسیر انتقال فرم عفونی آن از طریق مسیر مدفوعی-دهانی از یک فرد به فرد دیگر می باشد.اشریشیا کلیسویه‌های پاتوژن زیادی هم دارد و می‌تواندانواع و اقسام بیماری ها را ایجاد کند. بیماریهای ناشی از اکولی عمدتاً از طریق مواد غذایی و آب آلوده منتقل می شوند که می تواند باعث ایجاد اپیدمی های فراگیری شود.این ارگانیسم می تواند بیماری هایی را ایجاد کند که دستگاه گوارش و یا دستگاه ادراری را در برگرفته وسالها بیمار را اذیت کنند، به درمان پاسخ مناسبی ندهند و مشکلات زیادی را برای افراد به خصوص در کودکان زیر پنج سال، افراد بالای 65 سال و خانمها ایجاد کنند. اشریشیا کلی به عنوان یکی از عوامل عفونت های بیمارستانی هم مطرح می باشد که می‌تواند باعث ایجاد مرگ و میر هم بشود؛ بنابراین این ارگانیسم می تواند طیف وسیعی از بیماری ها را  ایجاد کند. باکتری هایی نظیر اشریشیا کلی پس از ورود به بدن می‌توانند هم خودشان و هم توکسینی که ایجاد می کنند موجب بیماری شود.

 آزمایشگاه مرجع کشوری کشوری اشریشیا کلی، تشخیص قطعی پاتوژن‌هایاشریشیا کلیرا در دستور کار دارد. در این آزمایشگاه، عمدتاً بر روی اشریشیا کلی های مولد بیماری های گوارشی کار می شود ولی امکان بررسی سایر سویه ها و زیر سویه های اکولی نیز فراهم است.

تعیین سروتایپ و پاتوتایپ باکتری

آزمایشگاه مرجع اکولی  این توانمندی رادارد که از روش های کلاسیک بهمراه روش های فینگر پرینتینگ بیوشیمیایی، سروتایپینگ و آزمون های نوین مولکولار تایپینگ برای تشخیص سویه های باکتری استفاده  کند. رسالت آزمایشگاه مرجع اکولی پایش و تعیین پاتوتایپ و سروتایپ سویه های اکولی ایجاد کننده اپیدمی های اسهالی در کشور است. علاوه بر فرآیند تشخیص، آزمایشگاه مرجع اکولی بررسی سایر خصوصیات سویه های اکولی جدا شده را از قبیل مقاومت میکروبی، تهیه بانک میکروبی از سویه های جدا شده، تحقیقات هدفمند منطقه ای و ملی را نیز عهده دار است.  در این راستا تا کنون بالغ بر هزار سویه اکولی پاتوژن در بانک میکروبی آزمایشگاه مرجع موجود است. طرح ملی تعیین پاتوتایپ های اکولی نیز در سابقه فعالیت های پژوهشی آزمایشگاه موجود است.  

در موارد اپیدمی اسهالی، آزمایشگاه مرجع سلامت و اداره مبارزه با بیماریهای منتقله از آب و غذای مرکز مدیریت بیماری های واگیر وزارت بهداشت در تعامل مستقیم  با آزمایشگاه مرجع اکولی و تعیین عامل اپیدمی، مسوول مقابله و کنترل اپیدمی هستند. در این راستا نمونه های مشکوک طبق ضوابط آزمایشگاه مرجع اکولی از اقصی نقاط ایران برای ما ارسال می شود و ما جواب آزمایشات را به یکی از این دو مرجع گزارش  می کنیم که آن ها با توجه به سیاست کنترلی خودشان، رویه مواجهه با آن اپیدمی را مشخص میکنند.

قبل از پاندمی کووید19، نمونه های ارسالی به این آزمایشگاه بیشتر بود اما در دوران کووید19 مراقبت های بهداشتی مردم بیشتر و در عین حال توجه نظام بهداشتی و درمانی هم بیشتر به بیماری کووید 19 معطوف شد و به تبع آن طبق انتظار نمونه های ارجاعی به ما هم کاهش پیدا کرد که دوباره با بازگشت به حالت طبیعی و عبور از پاندمی کووید 19، الزام مواجهه با بیماریهای اسهالی و تعیین عامل ان اهمیت بسزایی پیدا کرده است.   

تا قبل از تاسیس این آزمایشگاه، اینکه چه سویه هایی از  اکولی، در چه فصلی، در کدام جنسیت، در چه سنینی، در کدام مناطق و ... در حال گردش در ایران هستند مجهول بود که با راه اندازی این آزمایشگاه، برای اولین بار سویه های شایع در گردش کشور را با توجه به پاتوتایپ، فصل، جنس، سن، منطقه جغرافیایی و ... در یکی از مجلات معتبر علمی منتشر کردیم. قبل از سال 2011 و اپیدمی فراگیر اکولی در آلمان، جوامع پیشرفته متصور بودند که بیماریهای اسهالی مربوط به کشورهای در حال توسعه است و در کشورهای توسعه یافته نمود ندارد؛ اما پس از اپیدمی سال 2011 در آلمان بواسطه سویه جدید  اکولی، پیرو ترس فراگیر ایجاد شده در این کشور و سایر جوامع پیشرفته  زنگ خطری برای متولیان بهداشتی کشور نیز به صدا درآمد و برآن شدند تا قبل از ورود این اپیدمی به کشور تصویر واضحی از وضعیت اکولی در کشور داشته باشند تا پروتوکل های مراقبتی و پیشگیرانه هدفمند را اتخاذ کنند. در این راستا این رسالت مهم به عهده آزمایشگاه مرجع اکولی گذاشته شد  و این مطالعه جامع به ثمر نشست و برای اولین بار تصویر واضحی از این ارگانیسم در کشور ارائه شد. خوشبختانه سویه جدید به ایران وارد نشد و در اروپا کنترل شد.

پایش سویه های بومی/ شناسایی سویه های خطرناک

آزمایشگاه مرجع اشریشیا کلی وظیفه پایش سویه های بومی ایران را به عهده دارد که نتایج بررسی های آن ها از نظر سویه های در گردش، شیوع آن ها و وضعیت مقاومت میکروبی در آن ها، را به طور مستقیم به اطلاع سیستم بهداشتی کشور و از طریق آنها به پزشکان و مراکز بهداشتی و درمانی گزارش می شود. طبق اطلاع دست اندرکاران بهداشتی کشور و دانشمندان فعال در این حوزه، پایش مستمر سویه های در گردش نیازمند تامین مالی است که علیرغم تلاش های فراوان هم اکنون در اختیار این آزمایشگاه قرار نگرفته است و هماهنگی های بدست آوردن آن وقت و انرژی زیادی را از پرسنل و مدیران این آزمایشگاه هدر می دهد.

یکی از پاتوتایپ های اکولی، پاتوتایپ  انترو هموراژیک  است که در حالت کلی زیرمجموعه اکولی های تولید کننده شیگاتوکسین قرار می گیرند و به شدت کشنده هستند؛ چرا که ایجاد سندروم اورمی همولیتیک، به تبع آن از کار افتادن کلیه ها و سپس باعث مرگ می شوند.فردی که مبتلا به این سویه خطرناک باشد بعد از این که تحت درمان آنتی بیوتیکی قرار گرفت، بدلیل مرگ باکتری، سم شیگاتوکسین در بدن فرد بیمار آزاد می شود که عوارض عنوان شده در بالا ناشی از اثرات این سم در بدن است.  تا کنون چندین گزارش از سویه های  اکولی تولید کننده شیگاتوکسین که در کودکان باعث مرگ شده است داریم. در چنین مواردی باید قبل از تجویز انتی بیوتیک سویه سریعا شناسایی شده و درمان آنتی بیوتیکی یا انجام نشود و تنها به درمانهای حمایتی اکتفا شود.. در این راستا چندین  کارگاه توجیهی برای پزشکان برگزار کرده ایم تا با قرار دادن تشخیص قبل از تجویز آنتی بیوتیک در موارد اسهال های ناشی از اکولی جلوی مرگ و میر افراد گرفته شود.

  مقاومت دارویی، چالش جدید و مهم

در خصوص سویه های پایش شده که پاتوتایپینگ آن ها را مشخص کرده و در صدد تعیین سروتایپینگ هستیم، مقاومت آنتی بیوتیکی سویه ها را نیز بررسی کرده ایم که نتایج این بررسی در قالب چند مقاله علمی به چاپ رسیده است. متاسفانه وضعیت مقاومت میکروبی مشخص شده در پایش های سویه های در گردش در ایران نشان می دهد که در مقایسه با سایر کشورها وضعیت مساعدی نداریم و باید برای این چالش برنامه ریزی مناسب صورت گیرد. برای اینکه بتوانیم موضوع مقاومت میکروبی را به طور منظم و بر اساس چارچوب های رسمی و بین المللی در سویه های  اکولی جداسازی شده در ایران پایش کنیم نیاز به تامین منابع مالی کافی داریم که متاسفانه این موضوع تاکنون محقق نشده است.

آموزش مستمر کارشناسان دانشگاه ها

یکی از موارد در دستور کار آزمایشگاه مرجع اکولی آموزش مستمر در قالب کارگاه های آموزشی برای کارشناسان مبارزه با بیماریهای دانشگاه های علوم پزشکی سراسر کشور است که تا کنون چندین دوره از آن برگزار شده و مقرر است امسال نیز دوره جدید برگزار شود. علاوه بر آن این آزمایشگاه در تدوین دستورالعمل‌های کشوری مبارزه با بیماریهای اسهالی مشارکت می  کند. در برنامه های آموزشی، آموزش لازم در مورد روش های نمونه گیری، شرایط نمونه دریافتی، و روش های تشخیص قطعی باکتری و تعیین سرو تایپ ها و پاتو تایپ ها داده می شود.

اکثر کارکنان بخش بیولوژی مولکولی انستیتو پاستور ایران، شامل پنج نفر عضو هیئت علمی و 2 نفر کارشناس، درگیر فرآیندهای این آزمایشگاه هستند و هرکدام بر حسب وظیفه خاص خود، به فعالیت مشغولند

عضویت در شبکه جهانی بیماری های منتقله از غذا

آزمایشگاه مرجع اکولی این افتخار را دارد که عضو شبکه جهانی بیماری های منتقله از آب و غذا (Global Foodborne Infections Network (GFN) ) می باشد که شبکه ای وابسته به سازمان جهانی بهداشت است.

لینک خبر در ایسنا