ماده 1- به منظور ارائه راه حل و بررسی چالش های  در امور بهداشتی درمانی و ارتقای توان علمی کشور به موجب این اساسنامه مرکز تحقیقات میکروبیولوژی که در این اساسنامه مرکز تحقیقات نامیده می شود برای تامین اهداف زیر مورد موافقت اصولی قرار گرفت.
 
ماده 2- اهداف
1-     توسعه و به کارگیری دانش بشری در زمینه علم
2-     انجام پژوهش های بنیادی کاربردی و بالینی در جهت اصلاح ارائه خدمات بهداشتی درمانی کشور به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه و رفع معضلات بهداشتی، تشخیصی، درمانی.
3-     جمع آوری، تنظیم، طبقه بندی و انتشار اسناد، مقالات و مدارک مربوطه و انتشار آن ها
4-     تربیت نیروی انسانی محقق در زمینه های مرتبط
5-     ترغیب تشویق و به کارگیری محققین
6-      همکاری با مراکز تحقیقاتی و اجرائی مربوطه در داخل کشور
7-     همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران
8-     تلاش برای تبدیل علم به ثروت از طریق فروش فناوری های پیشرفته
 
ماده 3- ارکان مراکز عبارتند از:
     الف- شورای عالی راهبردی
     ب- رئیس مرکز
      ج- دبیرخانه
 
ماده 4- اعضا شورای عالی راهبردی مرکز عبارتند از :
1-     رئیس انستیتو پاستور ایران
2-     معاون پژوهشی انستیتو پاستور ایران
3-     مدیران گروه های پژوهشی مرتبط
4-     مدیر مرکز
5-     پنج نفر از اعضاء هیات علمی مرکز با پیشنهاد رئیس مرکز و تائید رئیس انستیتو پاستور ایران
6-      پنج نفر از خبرگان مرتبط با ماموریت مرکز در کشور
 
ماده 5- وظایف شورای عالی مرکز به شرح زیر می باشد:
1-     تصویب خط مشی پژوهشی مرکز
2-     تصویب طرح های همکاری با سایر دانشگاه ها و موسسات آموزشی پژوهشی و فن آوری داخلی و خارج از کشور و سازمان های بین المللی مطابق مقررات و ضوابط مربوطه
3-     بررسی و تصویب گزارش سالانه فعالیت های مرکز
4-     بررسی و تصویب بودجه سالانه مرکز در محدوده اعتبارات تخصیصی و با رعایت ضوابط قانونی
5-     تصویب دستور العمل های مربوط به امور داخلی شورای عالی و دستور العمل های اجرائی مرکز تحقیقات
6-      پیشنهاد سازمان و تشکیلات مرکز
تبصره: مصوبات شورای عالی مرکز بر اساس سیاست ها و خط مشی های هماهنگی با وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی خواهد بود.
 
ماده 6- رئیس مرکز به پیشنهاد شورای عالی مرکز و حکم رئیس انستیتو پاستور ایران برای چهار سال منصوب می گردد.
 
ماده 7- وظایف رئیس مرکز: رئیس مرکز بالاترین مقام اجرائی مرکز است و در حدود ضوابط قانونی و مصوبات شورای عالی جهت اجرای وظایف محوله اقدام می نماید.
 
ماده 8-اعضا مرکز دارای دو نوع عضو به شرح زیر است:
الف) اعضاء پیوسته:که اعضاء هیات علمی و نخبگان و کارشناسان تمام وقت مرکز هستند.
ب) اعضاء وابسته: اعضاء هیات علمی و نخبگان سایر دانشگاه علوم پزشکی و و غیر علوم پزشکی
 
ماده9- منابع مالی مرکز:
الف) درآمدهای حاصله از خدمات مرکز طبق ضوابط قانونی
ب) کمک و هدایای اشخاص حقیقی و حقوقی
ج) اعتبارات دولتی تخصیص یافته
ه) گرنت های پژوهشی و داخلی و خارجی
ذ) برگزاری کارگاه های تخصصی، سمینارهای تخصصی و همایش های بین المللی
و) درآمدزایی از طریق فروش نوآوری ها و فن آوری های پیشرفته مرتبط