بخش انفلوانزا و بیماریهای تنفسی شایع انستيتو پاستور ايران از سال 1388 به دنبال پاندمي آنفلوانزا A/New H1N1 در جهان، به عنوان آزمايشگاه  مرجع كشوري در تشخيص انفلوانزا با مركز مديريت بيماريها همكاري خود را آغاز نمود. در اين راستا اين آزمايشگاه مسئول پذيرش نمونه هاي بيماران مشكوك به آنفلوانزا و ارزيابي آنها  از سه استان زنجان، سمنان و مركزي گرديد.  بيماران مشكوك به آنفلوانزا بر اساس ضوابط و شرايط تعريف شده از طرف آزمايشگاه مرجع سلامت و مركز مديريت بيماريها، توسط پزشك تشخيص داده شده و از آنها نمونه سواب حلق تهيه ميگردد كه در محيط انتقال ويروس (VTM) با حفظ زنجيره سرد به اين آزمايشگاه منتقل مي شود.  از پاييز 1391 تاكنون به هر نمونه يك كد واحد در سامانه الکترونیکی نظام مراقبت بیماری آنفلوانزا (IISS)   Iranian  Influenza surveillance system، تعريف شده از طرف آزمايشگاه مرجع سلامت، داده ميشود كه مشخصات بيمار توسط مركز بهداشت نمونه گير در آن  وارد مي گردد.  در آزمايشگاه پس از انجام مراحل اوليه RNA ژنومي ويروس از نمونه هاي دريافتي استخراج گرديده و با روش Real Time PCR با استفاده از پرايمر و پروب هاي توصيه شده از طرف سازمان بهداشت جهاني مورد بررسي قرار مي گيرند.  هر نمونه از نظر آنفلوانزاي نوع  A و B و زيرنوع هاي H1 و H3 آزمایش مي شود و نتايج در سامانه IISS بر اساس كد نمونه وارد ميگردد. به منظور يكسان سازي روش تشخيص انفلوانزا در كل كشور، كليه كيتها و مواد مورد استفاده زير نظر آزمايشگاه مرجع سلامت  تهيه ميگردد و روش انجام كار نيز يكسان ميباشد.