اداره بازرسی ، ارزیابی عملکرد و پاسخگویی به شکایات انستیتو پاستور ایران، به عنوان یک بازوی نظارتی، زیر نظر مستقیم رییس محترم دستگاه  بوده و در حوزه های مربوط به ارزیابی عملکرد سازمان و پاسخگویی به شکایات فعالیت می نماید. برای این منظور، ارزیابی پرسنل و عملکرد دستگاه به واسطه شاخص های عمومی و اختصاصی استخراج شده از برنامه نقشه راه اصلاح نظام اداری و استراتژی تدوین شده پاستور، صورت می پذیرد.این اطلاعات به صورت دوره ایی و موردی توسط کارشناسان مربوطه جمع آوری و در کمیته های تخصصی مورد تحلیل قرار گرفته و پس از بررسی  نقاط قوت و ضعف، راهکارهای بهبود عملکرد پیشنهاد می گردد. از طرف دیگر، در حوزه پاسخگویی به شکایات نیز کارگروه تخصصی این اداره پس از  بررسی شکایات، انتقادات و پیشنهادات واصله، آنها را پایش نموده و پاسخ مناسب را به متقاضی ارسال می نماید.