پنج سوال مشترک و متداول در‌ تعیین ساختار دوم پروتئین توسط دستگاه CD:

1- آیا این دستگاه میتواند پروتین ناخالص همراه بافر را آنالیز‌ کند:
ج. خیر، برای آنالیز‌ نیاز به محلول پروتینی خالص و دیالیز شده یا desalt شده بدون بافر میباشد.

2- غلظت مورد نیاز پروتین چقدر است:
ج. نیم میلیگرم در‌ میلی لیتر آب به حجم چهارصد میکرولیتر

3- آیا ساختار سوم نیز با این دستگاه بدست‌میآید:
ج. به طور‌کلی خیر

4-آیا نیاز به استاندارد برای‌مقایسه میباشد:
بله چون قدرت این روش در‌حالت مقایسه میباشد نه به صورت‌ مطلق و یا یک‌ پروتین در شرایط‌ مختلف آزمایش مانند دما یا موتاسیون یا غیره با هم مقایسه شوند.

5-  آیا این‌ روش‌ میتواند برای بررسی تداخل لیگاند و پروتین یا DNA استفاده شود؟
ج. بله