بخش هاری انستیتو پاستور ایران مسئولیت تشخیص هاری و نیز مشارکت در حفظ و ارتقاء فرآیندهای پیشگیری و کنترل بیماری در کشور را داشته است. این بخش با سابقه بیش از چهار دهه، همکاری با سازمان جهانی بهداشت در راستای اهداف نظام سلامت کشوری و جهانی، گام‌های مؤثری برداشته است.
حفظ دستاوردهای علمی و فنی مبتنی بر سابقه دیرینه این بخش، پیشبرد و ارتقاء سطح کیفی و برنامه‌ریزی در جهت توسعه پایدار دامنه فعالیت، در کشور و منطقه، مأموریت بنیادین این بخش است. گسترش و ارتقاء کمی و کیفی همکاری‌های آموزشی، پژوهشی و فنی دو یا چندجانبه فی‌مابین این مرکز و مراکز دولتی ذیربط و بین‌المللی به‌منظور پایش و مراقبت بهتر در حوزه مربوط به کنترل هاری با هدف نیل به‌سوی ریشه‌کنی بیماری نیز مأموریت این بخش در درازمدت است.