بخش ایمونولوژی با هدف پایه‌گذاری و توسعه پژوهش‌های بنیادی و کاربردی در ایمونولوژی بیماری‌های عفونی داخل سلولی به‌ویژه لیشمانیوزیس تأسیس گردید. از زمان تأسیس تاکنون، این بخش موفق به جذب تعدادی از پژوهشگران این رشته و آموزش دانشجوهای دکترای تخصصی و کارشناسی ارشد شده است و همچنین دریافت تعدادی از گرانت های پژوهشی داخلی و بین‌المللی ازجمله موفقیت‌های مهم این بخش بوده است. بخش ایمونولوژی دارای ۶ آزمایشگاه است. این آزمایشگاه‌ها مجهز به تجهیزات پیشرفته موردنیاز برای پژوهش در بسیاری از زمینه‌های ایمونولوژی می‌باشند.

رییس بخش: دکتر فرهاد ریاضی راد