با توجه به رسالت انستیتو پاستور ایران در تشخیص، پیگیری و درمان بیماری‌های عفونی و بالأخص بیماری‌های نوپدید و بازپدید در کشور، این بخش فعالیت‌های پژوهشی، آموزشی و خدماتی خود را بر انجام این اهداف متمرکز کرده است. تدوین، اجرا و همکاری در طرح‌های پژوهشی در سطح انستیتو، ملی و بین‌المللی، تدوین و اجرای تحقیقات پایان‌نامه‌ای در مقاطع مختلف و همکاری با سایر مراکز علمی و تحقیقاتی مرتبط در داخل و خارج از کشور از دیگر مأموریت‌های بخش انفلوانزا و بیماریهای تنفسی شایع است. رئیس این بخش خانم دکتر فاطمه فتوحی می‌باشند.