از بدو تاسیس انستیتو پاستور ایران در سال 1300، فعالیت های علمی در زمینه میکروب شناسی به عنوان محور اصلی برنامه های این انستیتو مد نظر موسسین این مرکز قرار داشت تا این که در سال 1332 بخش میکروب شناسی به عنوان یک بخش مجزا آغاز به کار نمود و در حقیقت یکی از قدیمی ترین بخش های این انستیتو به شمار می رود. در حال حاضر بخش میکروب شناسی انستیتو پاستور ایران یکی از مهمترین بازوهای اجرایی این انستیتو در نظام سلامت کشور محسوب می گردد و نقش غیر قابل انکار در پیشبرد اهداف والای اجرایی و پژوهشی وزارت بهداشت و درمان ایفا می کند.
 
این بخش در زمینه های پژوهشی، آموزشی، میکروب شناسی پزشکی و تشخیصی فعالیت داشته و از معتبرترین و مهمترین مراکز آموزش میکروب شناسی پزشکی در سطح کشور محسوب می گردد که تا به امروز دهها نیروی متخصص و زبده میکروب شناسی پزشکی از این مرکز فارغ التحصیل گردیده اند. بخش میکروب شناسی انستیتو پاستور ایران شامل چندین آزمایشگاه تخصصی از جمله آزمایشگاههای انتروباکتریاسه، آب و غذا، باکتریهای بی هوازی، سیاه سرفه و دیفتری و ژنتیک باکتریایی می باشد که همگی از مجهزترین و فعال ترین آزمایشگاه های تخصصی میکروب شناسی ایران می باشند که سطح بالای خدمات ارائه شده در این مراکز زبانزد اساتید میکروب شناسی کشور است.
 
مهمترین اهداف و فعالیتهای این بخش عبارتند از:
 
·        انجام آزمایشات تخصصی در زمینه تشخیص بیماریهای عفونی
·        آزمایشات تخصصی در زمینه بررسی کیفیت آبهای سطحی و زیرزمینی در مناطق مختلف کشور
·        همکاری مستمر با شرکت ها و مراکز صنعتی در زمینه کنترل کیفی محصولات تولیدی
·        همکاری با مرکز کنترل بیماریهای وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
·        آزمایشگاه رفرانس کشوری بوتولیسم، سیاه سرفه و دیفتری
·        تعیین و تدوین شاخص ها و استاندارد های تشخیصی در زمینه بیماریهای بوتولیسم، سیاه سرفه، دیفتری و آلودگی های میکروبی آب
·        تولید فراورده های بیولوژیک
·        آموزش نیروهای مجرب در زمینه میکروب شناسی پزشکی از طریق جذب سالانه دهها کارآموز و فارغ التحصیل رشته های مختلف علوم پزشکی
·        برگزاری منظم کارگاه های آموزشی در زمینه بیماریهای عفونی بالاخص سیاه سرفه و دیفتری و تکنیکهای نوین آزمایشگاهی
·        سازماندهی و سرپرستی پایان نامه های دانشجویی در مقاطع کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی
·        ارائه و پشتیبانی از طرحهای تحقیقاتی در زمینه میکروب شناسی پزشکی، بیولوژی مولکولی و مقاومت های آنتی میکروبی در سطح کشوری و منطقه ای
·        راه اندازی یکی از کاملترین بانک های میکروبی کشور تحت عنوان کلکسیون میکروبی ایران
·        تبادل تجربیات فنی و تخصصی در زمینه بیماریهای عفونی با سایر مراکز تحقیقات میکروبی
·        ارتقا سطح آگاهی عمومی در پیشگیری و کنترل بیماریهای عفونی
 
در زمینه فعالیتهای علمی پژوهشی، بخش میکروب شناسی انستیتو پاستور ایران با ارائه بیش از200مقاله علمی معتبر و تالیف
چندین عنوان کتاب تخصصی میکروب شناسی و حضور مستمر و فعال در کنگره ها و همایش های داخلی و خارجی در طی یک دهه
اخیر نقش بسزایی در تولیدعلم در کشور ایفا کرده و از معتبرترین مراکز تحقیقات میکروب شناسی کشور محسوب می گردد.
 
از قدیم الایام بخش میکروب شناسی انستیتو پاستور ایران در زمینه تشخیص عفونتهای باکتریایی که با امکانات معمول آزمایشگاهی قابل تشخیص نیستند از جمله سیاه زخم، تولارمی، بوتولیسم، دیفتری، سیاه سرفه و بروسلوز فعال بوده و از سال 1383، این بخش، آزمایشگاه مرجع سیاه سرفه و دیفتری محسوب می گردد و نمونه های بالینی جمع آوری شده از سطح کل کشور به این بخش منتقل شده و فعالیت های تشخیصی و آماری دقیقی بر روی آنها انجام می گیرد. سازماندهی منظم فعالیتها و برنامه ریزی های کوتاه مدت و بلند مدت صورت گرفته در این مرکز جهت ریشه کنی این بیماریها در طی سالهای اخیر نقش بسزایی را در کاهش آمار ابتلا به این عفونتها در سطح کل کشور داشته است. این بخش همچنین آزمایشگاه مرجع بوتولیسم در کشور محسوب شده و در زمینه تشخیص انواع بوتولیسم و نظارت بر فعالیت های تحقیقاتی و آزمایشگاهی در زمینه این بیماری فعالیت مستمر و گسترده ای دارد.
 
در حال حاضر بخش میکروب شناسی انستیتو پاستور ایران با 5 عضوهیات علمی و20 پرسنل در حال فعالیت است و در پرتو تلاش و عزم جدی نیروهای خود و در سایه سیاست های مدبرانه اعضای هیات علمی این مرکز در مسیر تحقق آرمان های خویش و ارتقای بهداشت عمومی جامعه و بر آوردن اهداف سند چشم انداز 20 ساله نظام جمهوری اسلامی مبنی بر برخورداری عموم مردم از سلامت، رفاه و امنیت بهداشتی و غذایی با ایمان به قدرت لایزال الهی به این راه مقدس ادامه می دهد.
 
بی شک پیشرفتها و خدمات چشمگیراین مرکز در اعتلای سطح سلامت و بهداشت جامعه، مایه غرور و خودباروری ملی همه ایرانیان است. امید است با تلاش همه اعضای خانواده بزرگ ((انستیتو پاستور ایران)) زمینه های تحقق اهداف والای این سازمان فراهم گردد و در آینده ای نزدیک شاهد توسعه پایدار سطح بهداشت و سلامت ایران اسلامی باشیم.