از بدو تأسیس انستیتو پاستور ایران در سال 1300، فعالیت‌های علمی در زمینه میکروب‌شناسی به‌عنوان محور اصلی برنامه‌های این انستیتو مدنظر مؤسسین این مرکز قرار داشت تا این‌که در سال 1332 بخش میکروب‌شناسی به‌عنوان یک بخش مجزا آغاز به کار نمود و در حقیقت یکی از قدیمی‌ترین بخش‌های این انستیتو به شمار می‌رود. در حال حاضر بخش میکروب‌شناسی انستیتو پاستور ایران یکی از مهم‌ترین بازوهای اجرایی این انستیتو در نظام سلامت کشور محسوب می‌گردد و نقش غیرقابل‌انکار در پیشبرد اهداف والای اجرایی و پژوهشی وزارت بهداشت و درمان ایفا می‌کند.
این بخش در زمینه‌های پژوهشی، آموزشی، خدماتی، میکروب‌شناسی پزشکی و تشخیصی فعالیت داشته و از معتبرترین و مهم‌ترین مراکز آموزش میکروب‌شناسی پزشکی در سطح کشور محسوب می‌گردد که تا به امروز ده‌ها نیروی متخصص و زبده میکروب‌شناسی پزشکی از این مرکز فارغ‌التحصیل گردیده‌اند.