آزمایشگاه ایمنولوژی ملکولی و تحقیقات واکسن در سال 1376 با حمایت مالی سازمان بهداشت جهانی و TDR و با هدف کلی مطالعه و تحقیق در راستای ایمونولوژی و واکسن بیماری لیشمانیوز در انستیتو پاستور ایران تأسیس و آغاز بکار کرد. این آزمایشگاه در سال 1394 به سبب گستردگی فعالیت های پژوهشی در زمینه های مختلف تحقیقات دارویی و واکسن به بخش ایمونوتراپی و تحقیقات واکسن لیشمانیا ارتقا ودر حال حاضر  سه آزمایشگاه فعال دارد. در طی دوران فعالیت خود گام های موثری در راستای رسیدن به اهداف خود برداشته است که از جمله آنها می توان به شناسایی سه آنتی ژن کاندید جهت طراحی واکسن، ثبت هفت ژن در بانک جهانی ژن اشاره کرد. علاوه بر این با کسب دانش در زمینه دست کاریهای ژنتیکی انگل لیشمانیا، موفق به ثبت  پنج اختراع ملی در زمینه انگلهای نو ترکیب گردید که از دست آوردهای بسیار ارزشمند محسوب می گردند. مهمتر اینکه موفق به طراحی واکسن اولیه بر علیه بیماری لیشمانیوز احشایی در سگ گردید که حاصل تلاش های مستمر محققین این بخش می باشد.

ثمره این تحقیقات از زمان تاسیس تا کنون، چاپ بالغ بر 85 مقاله پژوهشی و 10 مقاله مروری در مجلات معتبر خارجی و همچنین به ثمر رساندن بیش از 50 پایان نامه دانشجویی در مقاطع دکترا و فوق لیسانس در محیطی کاملاً پژوهشی و علمی بوده است. این بخش با فعالیتهای هدفدار و ارائه طرح های نوین که گاهاً برای اولین بار در جهان انجام شده توانسته است حمایت های مالی قابل توجهی را از سوی سازمان بهداشت جهانی انستیتو پاستور ایران جذب نماید و بدینوسیله زمینه را برای همکاریها و مشارکت های علمی با سایر دانشگاهها و مراکز پژوهشی داخل و خارج از کشور فراهم نماید. بعلاوه با کسب تجربه در زمینه واکسن لیشمانیوز به راهکارهای جدید در طراحی واکسن برعلیه سایر عفونتها از جمله ویروس پاپیلوای انسانی تیپ 16 نیز دست یابد.

امیدوار است با سازکارهای فراهم شده بتواند بازوی مناسبی جهت آموزش و تحقیقات پایه ای در زمینه واکسن های پارازیتی باکتریایی و ویروسی در کشور باشد.